Descarga de datos del UICN

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Descarga de datos de UICN

Author

Daniela O

Published

September 30, 2024

Descarga de datos del UICN

# liberias requeridas
library(taxize) # acceder a datos de UICN
library(tidyverse)
library(readxl)
library(rredlist)
library(writexl)
library(httr)

data<- read_excel("especies.xlsx")
head(data)

# A tibble: 6 × 7
  División Clase    Orden    Familia       Género Scientific.name `Nombre común`
  <chr>    <chr>    <chr>    <chr>         <chr>  <chr>           <chr>         
1 Chordata Amphibia Anura    Strabomantid… Geoba… Sciurus granat… Rana sierra d…
2 Chordata Reptilia Squamata Teiidae       Ameiva Cerdocyon thous Lagarto Lobito
3 Chordata Amphibia Anura    Strabomantid… Serra… Potos flavus    Rana ladrona …
4 Chordata Reptilia Squamata Anolidae      Anolis Procyon cancri… Abaniquilllo …
5 Chordata Reptilia Squamata Colubridae    Lepto… Coendou longic… Falsa Mapaná  
6 Chordata Amphibia Anura    Leptodactyli… Lepto… Eira barbara    Rana Picuda

glimpse(data)

Rows: 10
Columns: 7
$ División        <chr> "Chordata", "Chordata", "Chordata", "Chordata", "Chord…
$ Clase           <chr> "Amphibia", "Reptilia", "Amphibia", "Reptilia", "Repti…
$ Orden           <chr> "Anura", "Squamata", "Anura", "Squamata", "Squamata", …
$ Familia         <chr> "Strabomantidae", "Teiidae", "Strabomantidae", "Anolid…
$ Género          <chr> "Geobatrachus", "Ameiva", "Serranobatrachus", "Anolis"…
$ Scientific.name <chr> "Sciurus granatensis", "Cerdocyon thous", "Potos flavu…
$ `Nombre común`  <chr> "Rana sierra de Walker", "Lagarto Lobito", "Rana ladro…

sp.list<- data |> distinct(Scientific.name)
sp.list

# A tibble: 10 × 1
   Scientific.name      
   <chr>                
 1 Sciurus granatensis  
 2 Cerdocyon thous      
 3 Potos flavus         
 4 Procyon cancrivorus  
 5 Coendou longicaudatus
 6 Eira barbara         
 7 Neogale frenata      
 8 Dasyprocta punctata  
 9 Alouatta seniculus   
10 Iguana iguana

# obteniendo datos UICN

API <- "MuXfvwppcPU8NwRvszhKskays14Ld4q66cCD" #https://apiv3.iucnredlist.org/, provide IUCN acess

IUCN.list <- iucn_summary(sp.list$Scientific.name, distr_detail= TRUE, key =API)

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══  1 queries  ═══════════════
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══  1 queries  ═══════════════
══  1 queries  ═══════════════

# reacomodo de los datos 
iucn_status(IUCN.list)

  Sciurus granatensis       Cerdocyon thous          Potos flavus 
                   NA                    NA                    NA 
  Procyon cancrivorus Coendou longicaudatus          Eira barbara 
                   NA                    NA                    NA 
      Neogale frenata   Dasyprocta punctata    Alouatta seniculus 
                   NA                    NA                    NA 
        Iguana iguana 
                   NA

# data a base de datos
resultado_iucn<-iucn_status(IUCN.list) |> as.data.frame()

resultado_completo <- data.frame(Especie = sp.list$Scientific.name, Status = resultado_iucn)
# view(resultado_completo)

# para descargar los datos
#write_xlsx(resultado_completo, "resultado.xlsx")